Stiftelsen Hästforskning bildades 2004 av Hästnäringens Nationella Stiftelse (HNS) i samverkan med AB Trav och Galopp (ATG), Agria Djurförsäkring och Stiftelsen Lantbruksforskning. ATG, Agria och Stiftelsen Lantbruksforskning sammanförde då sina forskningsmedel för häst.
2006 fick stiftelsen för första gången statlig samfinansiering genom forskningsrådet Formas. Den statliga samfinansieringen har varierat i storlek men fortsatt sedan dess.
Under 2009 inledde Sverige och Norge ett samarbete om hästforskning för att lyfta samverkansprojekt mellan länderna, där norska hästnäringen och staten bidrar med forskningsmedel.
De första tio åren kunde Stiftelsen Hästforskning finansiera omkring 150 forskningsprojekt med 140 miljoner kronor.
Men trots privat och statlig finansiering är vi varje år tvungna att avslå bra ansökningar. Den svenska hästsektorn är omfattande och behovet av forskning är stort. Dessutom har stiftelsens inriktning breddats med åren och omfattar i dag även det samhällsvetenskapliga och humanistiska fältet.